Synthetic Biology Final Report

Synthetic Biology | References 
 
77 
NIH (2013) NIH Guidelines for Research Involving Recombinant or Synthetic Nucleic Acid Molecules (NIH guidelines) 
Noireaux V, Maeda YT, Libchaber A (2011) Development of an artificial cell, from self-organization to computation 
and self-reproduction. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 
(9):3473-3480. doi:10.1073/pnas.1017075108 
Norton BG (2010) Synthetic biology: Some concerns of a biodiversity advocate remarks on synthetic biology to the 
Presidential Commission on Bioethics.1-8 
NRC (2009) Understanding Biosecurity: Protecting against the misuse of science in today's world. National Research 
Council of the National Academies 
NSABB (2010) National Science Advisory Board for Biosecurity, Addressing Biosecurity concerns related to synthetic 
biology. Washington, DC 
O'Connor SE, Brutnell TP (2014) Editorial overview: Growing the future: synthetic biology in plants. Current opinion in 
plant biology 19:iv-v. doi:10.1016/j.pbi.2014.05.005 
OECD (1993) Safety evaluation of foods derived by modern biotechnology: Concepts and principles. Organisation for 
Economic Co-operation and Development (OECD), Paris 
OECD (2009) Guideline for the testing of chemicals - Test No. 452: Chronic toxicity studies. OECD,  
OECD 
(2014) 
Emerging 
Policy 
Issues 
in 
Synthetic 
Biology. 
OECD 
Publishing. 
doi:http://dx.doi.org/10.1787/9789264208421-en 
Oldham  P,  Hall  S,  Burton  G  (2012)  Synthetic  biology:  mapping  the  scientific  landscape.  PloS  one  7  (4):e34368. 
doi:10.1371/journal.pone.0034368 
Oye  KA,  Esvelt  K,  Appleton  E,  Catteruccia  F,  Church  G,  Kuiken  T,  Lightfoot  SB,  McNamara  J,  Smidler  A,  Collins  JP 
(2014) Regulating gene drives. Science. doi:10.1126/science.1254287 
Patron NJ (2014) DNA assembly for plant biology: techniques and tools. Current opinion in plant biology 19C:14-19. 
doi:10.1016/j.pbi.2014.02.004 
Pauwels K, Mampuys R, Golstein C, Breyer D, Herman P, Kaspari M, Pagès J-C, Pfister H, van der Wilk F, Schönig B 
(2013) Event report: SynBio Workshop (Paris 2012) – Risk assessment challenges of Synthetic Biology. Journal 
für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit 8 (3): 215-226 
PCSBI (2010)  New Directions: The Ethics of Synthetic Biology and Emerging Technologies.  Presidential Commission 
for  the  Study  of  Bioethical  Issues.  http://bioethics.gov/sites/default/files/PCSBI-Synthetic-Biology-Report-
12.16.10.pdf. Accessed 20.07.2014  
Peccoud J, Isalan M (2012) The PLOS ONE synthetic biology collection: six years and counting. PloS one 7 (8):e43231. 
doi:10.1371/journal.pone.0043231 
Polizzi KM (2013) What is synthetic biology? Methods in molecular biology 1073:3-6. doi:10.1007/978-1-62703-625-
2_1 
Polka  JK,  Silver  PA  (2013)  Building  synthetic  cellular organization. Molecular  biology of  the  cell 24  (23):3585-3587. 
doi:10.1091/mbc.E13-03-0155 
Pollack  A  (2013)  A  Dream  of  Trees  Aglow  at  Night.  http://www.nytimes.com/2013/05/08/business/energy-
environment/a-dream-of-glowing-trees-is-assailed-for-gene-tinkering.html?pagewanted=all&_r=0.  Accessed 
17.07.2014  
Porcar  M,  Pereto  J  (2012)  Are  we  doing  synthetic  biology?  Systems  and  synthetic  biology  6  (3-4):79-83. 
doi:10.1007/s11693-012-9101-3 
Purnick  PE,  Weiss  R  (2009)  The  second  wave  of  synthetic  biology:  from  modules  to  systems.  Nature  reviews 
Molecular cell biology 10 (6):410-422. doi:10.1038/nrm2698 
Redford KH, Adams W, Mace GM (2013) Synthetic biology and conservation of nature: wicked problems and wicked 
solutions. PLoS biology 11 (4):e1001530. doi:10.1371/journal.pbio.1001530 
Renwick AG, Barlow SM, Hertz-Picciotto I, Boobis AR, Dybing E, Edler L, Eisenbrand G, Greig JB, Kleiner J, Lambe J, 
Muller  DJ,  Smith  MR,  Tritscher  A,  Tuijtelaars  S,  van  den  Brandt  PA,  Walker  R,  Kroes  R  (2003)  Risk 
characterisation of chemicals in food and diet. Food Chem Toxicol 41 (9):1211-1271 
Rhee SY, Mutwil M (2014) Towards revealing the functions of all genes in plants. Trends in plant science 19 (4):212-
221. doi:10.1016/j.tplants.2013.10.006 
Rhodes C (2010) International Governance of Biotechnology. London: Bloomsbury Publishing PLC. .  
Rocha  EP  (2013)  Evolution.  With  a  little  help  from  prokaryotes.  Science  339  (6124):1154-1155. 
doi:10.1126/science.1234938 
Rodemeyer  M  (2009)  New  Life,  Old  Bottles:  Regulating  First-Generation  Products  of  Synthetic  Biology.  WWICS 
Synthetic Biology Project  

---

Synthetic Biology | References 
 
78 
Safi C, Zebib B, Merah O, Pontalier P-Y, Vaca-Garcia C (2014) Morphology, composition, production, processing and 
applications of Chlorella vulgaris: A review. Renew Sust Energ Rev 35:265-278 
Sainsbury  F,  Lomonossoff  GP  (2014)  Transient  expressions  of  synthetic  biology  in  plants.  Current  opinion  in  plant 
biology 19C:1-7. doi:10.1016/j.pbi.2014.02.003 
Salis  HM,  Mirsky  EA,  Voigt  CA  (2009)  Automated  design  of  synthetic  ribosome  binding  sites  to  control  protein 
expression. Nature biotechnology 27 (10):946-950. doi:10.1038/nbt.1568 
Sarrion-Perdigones A, Palaci J, Granell A, Orzaez D (2014) Design and construction of multigenic constructs for plant 
biotechnology  using  the  GoldenBraid  cloning  strategy.  Methods  in  molecular  biology  1116:133-151. 
doi:10.1007/978-1-62703-764-8_10 
Sarrion-Perdigones  A,  Vazquez-Vilar  M,  Palaci  J,  Castelijns  B,  Forment  J,  Ziarsolo  P,  Blanca  J,  Granell  A,  Orzaez  D 
(2013)  GoldenBraid  2.0:  a  comprehensive  DNA  assembly  framework  for  plant  synthetic  biology.  Plant 
physiology 162 (3):1618-1631. doi:10.1104/pp.113.217661 
SBP  (2012)  Inventory  of  synthetic  biology  products  -  existing  and  possible.  Draft.  Synthetic  biology  project. 
http://www.synbioproject.org/process/assets/files/6631/_draft/synbio_applications_wwics.pdf. 
Accessed 
18.07.2014  
SCENIHR, SCCS, SCHER (2014) SCENIHR (Scientific Committee on Emerging and Newly Identified Health Risks), SCCS 
(Scientific  Committee  on  Consumer  Safety),  SCHER  (Scientific  Committee  on  Health  and  Environmental 
Risks), 
Synthetic 
Biology 
I 
Definition, 
Opinion, 
25 
September, 
2014. 
http://ec.europa.eu/health/scientific_committees/emerging/docs/scenihr_o_044.pdf. Accessed 30.09.2014  
Schmidt M (2008) Diffusion of synthetic biology: a challenge to biosafety. Systems and synthetic biology 2 (1-2):1-6. 
doi:10.1007/s11693-008-9018-z 
Schmidt  M  (2010a)  Do  I  understand  what  I  can  create?  In:  Schmidt  M,  Kelle  A,  Ganguli-Mitra  A,  Vriend  H  (eds) 
Synthetic Biology. Springer Netherlands, pp 81-100. doi:10.1007/978-90-481-2678-1_6 
Schmidt  M  (2010b)  Xenobiology:  A  new  form  of  life  as  the  ultimate  biosafety  tool.  BioEssays  32  (4):322-331. 
doi:10.1002/bies.200900147 
Schmidt  M,  de  Lorenzo  V  (2012)  Synthetic  constructs  in/for  the  environment:  Managing  the  interplay  between 
natural and engineered biology. FEBS letters 586:2199-2206 
Seo SW, Yang J, Min BE, Jang S, Lim JH, Lim HG, Kim SC, Kim SY, Jeong JH, Jung GY (2013) Synthetic biology: tools to 
design  microbes  for  the  production  of  chemicals  and  fuels.  Biotechnology  advances  31  (6):811-817. 
doi:10.1016/j.biotechadv.2013.03.012 
Seyfried  G,  Pei  L,  Schmidt  M  (2014)  European  do-it-yourself  (DIY)  biology:  beyond  the  hope,  hype  and  horror. 
Bioessays 36 (6):548-551. doi:10.1002/bies.201300149 
Shetty R, Endy D, Knight T (2008) Engineering BioBrick vectors from BioBrick parts. Journal of biological engineering 2 
(1):5 
Skerker JM, Lucks JB, Arkin AP (2009) Evolution, ecology and the engineered organism: lessons for synthetic biology. 
Genome biology 10 (11):114. doi:10.1186/gb-2009-10-11-114 
Smith MT, Wilding KM, Hunt JM, Bennett AM, Bundy BC (2014) The emerging age of cell-free synthetic biology. FEBS 
letters. doi:10.1016/j.febslet.2014.05.062 
Snow AA, Smith VH (2012) Genetically Engineered Algae for Biofuels: A Key Role for Ecologists. BioScience 62 (8):765-
768 
Sole  RV,  Munteanu  A,  Rodriguez-Caso  C,  Macia  J  (2007)  Synthetic  protocell  biology:  from  reproduction  to 
computation.  Philosophical  transactions  of  the  Royal  Society  of  London  Series  B,  Biological  sciences  362 
(1486):1727-1739. doi:10.1098/rstb.2007.2065 
Stephanopoulos  G  (2012)  Synthetic  biology  and  metabolic  engineering.  ACS  synthetic  biology  1  (11):514-525. 
doi:10.1021/sb300094q 
UKSBRCG 
(2012) 
A 
Synthetic 
Biology 
Roadmap 
for 
the 
UK. 
http://www.rcuk.ac.uk/RCUK-
prod/assets/documents/publications/SyntheticBiologyRoadmap.pdf. Accessed 18.07.2014  
UPOV  (2011)  International  Union  for  the  Protection  of  New  Varieties  of  Plants.  Test  Guidelines; 
http://www.upov.int/test_guidelines/en/; (last accessed: 23/06/2014).  
Wageningen  UR  (2014)  Microalgae  products.  Application  of  algae  components  in  different  commercial  sectors; 
http://www.wageningenur.nl/en/Expertise-Services/Facilities/AlgaePARC/Themes/Microalgae-
products.htm; (last accessed 28/07/2014).  
Wang  HH  (2010)  Synthetic  genomes  for  synthetic  biology.  Journal  of  molecular  cell  biology  2  (4):178-179. 
doi:10.1093/jmcb/mjq015 

---