Synthetic Biology Final Report

Synthetic Genomics | Annex
 
 
102 
In its broadest terms, synthetic biology can be described as the engineering of biological entities not found in 
nature. The applications for such entities are numerous, including bioremediation, biosensing, and synthesis of 
value-added chemicals. 
Ducat and Silver (2012) 
Synthetic  biology  is  well-situated  to  provide  original  approaches  for  compartmentalizing  and  enhancing 
photosynthetic reactions in a species independent manner. 
Ellis and Goodacre (2012) 
One of the main goals of synthetic  biology is to generate  the  desired material with a good conversion from 
substrate(s)  to  product  whilst  reducing  unwanted  (side-)  products(…)Synthetic  biology  is  here  to  stay  and 
rational  metabolic  engineering  of  bacteria,  yeast,  fungi  and  mammalian-based  systems  will  become  an 
important growth area, urgently needed to sustain the planet’s needs as the population continues to expand 
at alarming rates whilst consuming valuable non-renewable resources. 
Forster (2012) 
Synthetic  biology  is  a  powerful  experimental  approach,  not  only  for  developing  new  biotechnology 
applications, but also for testing hypotheses in basic biological science”. … “It should be noted that some of 
the  work  on  purified  translation  systems  covered  in  this  review  doesn’t  really  fit  our  previously  published 
definition of synthetic biology as “the complex engineering of replicating systems” [5], even though the work 
was a spin-off of putting together the biomolecular parts towards in vitro replication of peptidomimetics. Thus 
it may be viewed more accurately as the “synthesis” described by Benner or perhaps “synthetic biochemistry.” 
Nevertheless, the work presented does fit within some common definitions of synthetic biology, such as “the 
design and construction of new biological parts, devices and systems” (http://syntheticbiology.org). 
Hoesl and Budisa (2012) 
One of the main goals of Synthetic Biology is to generate new and emergent biological functions in streamlined 
cells which are equipped with ‘tailor-made biochemical production lines. 
Juhas (2012) 
One  of  the  main  aims  of  synthetic  biology  is  to  create  a  cell  whose  genome  harbors  the  minimal  set  of 
essential genes. 
Karlsson and Weber (2012) 
The field of synthetic biology is rapidly expanding and has over the past years evolved from the development 
of simple gene  networks to complex treatment-oriented circuits. The reprogramming of cell fate with open-
loop  or  closed-loop  synthetic  control  circuits  along  with  biologically  implemented  logical  functions  have 
fostered applications spanning over a wide range of disciplines, including artificial insemination, personalized 
medicine and the treatment of cancer and metabolic disorders, 
Kittleson et al. (2012) 
Synthetic  biology  relies  on  engineering  concepts  such  as  abstraction,  standardization,  and  decoupling  to 
develop  systems  that  address  environmental,  clinical,  and  industrial  needs.  Recent  advances  in  applying 
modular design to system development have enabled creation of increasingly complex systems. 

---

Synthetic Genomics | Annex
 
 
103 
Lin and Levchenko (2012) 
A large facet of synthetic biology involves placing rationally designed genetic circuits in living cells to engineer 
predicted outputs 
Lux et al. (2012) 
The aim of synthetic biology is to make genetic systems more amenable to engineering, which has naturally 
led to the development of computer-aided design (CAD) tools. 
Macia et al. (2012) 
Synthetic  biology  (SB)  offers  a  unique  opportunity  for  designing  complex  molecular  circuits  able  to  perform 
predefined functions. 
Malinova et al. (2012) 
The topic synthetic biology appears still as an ‘empty basket to be filled’. However, there is already plenty of 
claims and visions, as well as convincing research strategies about the theme of synthetic biology. First of all, 
synthetic biology seems to be about the engineering of biology – about bottomup and top-down approaches, 
compromising  complexity  versus  stability  of  artificial  architectures,  relevant  in  biology.  Synthetic  biology 
accounts  for  heterogeneous  approaches  towards  minimal  and  even  artificial  life,  the  engineering  of 
biochemical  pathways  on  the  organismic  level,  the  modeling  of  molecular  processes  and  finally,  the 
combination  of  synthetic  with  nature-derived  materials  and  architectural  concepts,  such  as  a  cellular 
membrane. Still, synthetic biology is a discipline, which embraces interdisciplinary attempts in order to have a 
profound, scientific base to enable the re-design of nature and to compose architectures and processes with 
man-made matter. 
Morey et al. (2012) 
A  goal  of  synthetic  biology  is  to  apply  the  same  engineering  principles  to  the  rational  design  of  biological 
systems, including regulatory genetic circuits, metabolic systems, and signal transduction. 
Olson and Tabor (2012) 
Synthetic biology is improving our understanding of and ability to control living organisms. 
Planson et al. (2012) 
Synthetic biology aims at creating novel functional devices and systems that together with new ideas coming 
from  the  field  of  systems  biology  are  enriching  the  toolbox  of  metabolic  engineering  for  therapeutic 
development. 
Slusarczyk et al (2012) 
One goal in synthetic biology is to design parts and modules in such a fashion as to make systems-level fitness 
landscapes smoother: for example, by orthogonalization. 
Yuzawa (2012) 
One  definition  of  synthetic  biology  is  “the  deliberate  design  and  fabrication  of  novel  biologically-based 
components as well as the redesign of existing biological systems. 
Zhu et al. (2012) 

---