Mavzu: Oqsil strukturalarini oldindan aytish va modellashtirish

2.2 Oqsillarning birlamchi strukturasi. Oqsilning birlamchi strukturasini genomika va bioinformatika usullarini qo‘llagan holda ham aniqlash mumkin. Zardob albuminining to‘liq gen ketma –ketligi 610 ta aminokislota qoldig‘ini kodlovchi 1830 azot asoslaridan tashkil topgan. Ushbu gen barcha qolgan genlar singari ATG kodonidan boshlanadi. Bu kodon metioninni sintezlaydi va birorta stop-kodon bilan yakunlanadi, yuqoridagi xolatda TAA. Shu tariqa 609 ta qoldiqdan iborat struktura kodlanadi. Ammo bu strukturani to‘liq albumin molekulasi deb bo‘lmaydi. Undagi boshlang‘ich 24 aminokislota qoldig‘i signal peptidlari deb yuritilib, molekulaning yadrodan sitoplazmaga chiqishida uzilib tushadi, shundan keyin albumin strukturasi shakllanadi. Natijada mazkur molekula 385 aminokislota qoldig‘idan iborat bo‘lib qoladi. Oqsil malekulasida aminokislotalarning birin ketin kelishi tartibi, oqsillarining birlamchi strukturasi deyiladi. Bu tartib nasliy belgilangan bo’lib, o’zgarmas avloddan avlodga o’tadi.
Polipeptid zanjirida peptid bog’lari -CO-NH- shaklida bo’lganidan zanjirdagi birinchi aminokislotaning NH₂ gruppasi oxirgi aminokislotaning COOH gruppasi erkin holda qoladi, qolgan amino va karboksil gruppalar esa peptid bog’ hosil bo’lish uchun sarf bo’lganlar.Zanjirning
NH₂ va COOH uchlari, “N” va “S‖ uchlari bo’ladi.

Oqsil molekulasidagi peptid bog’laridagi element atomlarining joylashishi.
Hozirgacha 10 000 lab oqsillarning birlamchi strukturalari aniqlangan. Akademik YU.A. Ovchinikov va uning xodimlari tomonidan ishlab chiqilgan mass-spektral analizda ham polipeptid zanjir dastlab kuchli elektronlar oqimi yordamida peptidlarga parchalanadi. So’ng peptidlar tarkibidagi aminokislotalar qoldig’i 10 - 12 tadan ortiq bo’lmasligi kerak, aks holda samarali natijalar olish qiyin.
Hozirgi vaqtda har xil usullar bilan molekulyar massasi turlicha bo’lgan ko’plab oqsillarning birlamchi strukturalari aniqlangan.