Phylogeny of the Zygomycota based on nuclear ribosomal sequence data

Echinosporangium Malloch and Gamsiella, a new genus

for Mortierella multidivaricata. Mycologia 96:143–149.

———, O’Donnell K. 2000. Amoebidium parasiticum is

a protozoan, not a Trichomycete. Mycologia 92:1133–

1137.

———, White MM. 2001. The classification and phylogeny

of Trichomycetes and Zygomycetes. In: Misra JK, Horn

BW, eds. Trichomycetes and other fungal groups.

Enfield, New Hampshire: Science Publishers Inc.

p 39–53.

———, Humber RA, Morton JB. 2001. Zygomycota:

Zygomycetes. In: McLaughlin DJ, McLaughlin EG,

Lemke PA, eds. The Mycota. Vol. VIIA. Systematics

and evolution. Berlin: Springer-Verlag. p 113–146.

Ben-Ze’ev I, Kenneth RG. 1982. Features-criteria of taxo-

nomic value in the Entomophthorales: I. A revision of

the Batkoan classification. Mycotaxon 14:393–455.

———, ———, Uziel A. 1987. A classification of Ento-

mophthora turbinata

in Thaxterosporium new genus,

Neozygitaceae new family (Zygomycetes: Ento-

mophthorales). Mycotaxon 28:313–326.

Bergsten J. 2005. A review of long-branch attraction.

Cladistics 21:163–193.

Blackwell M, Malloch D. 1991. Life history and arthropod

dispersal of a coprophilous Stylopage. Mycologia 83:

360–366.

Bruns TD, Vilgalys R, Barns SM, Gonzalez D, Hibbett DS,

Lane DJ, Simon L, Stickel S, Szaro TM, Weisburg WG,

Sogin ML. 1992. Evolutionary relationships within the

fungi: analyses of nuclear small subunit rRNA se-

quences. Mol Phylogenet Evol 1:231–241.

Cafaro MJ. 1999. Baltomyces, a new genus of gut-inhabiting

fungus in an isopod. Mycologia 91:517–519.

———. 2005. Eccrinales (Trichomycetes) are not fungi, but

a clade of protists at the early divergence of animals

and fungi. Mol Phylogenet Evol 35:21–34.

Carruthers RI, Hural K. 1990. Fungi as naturally occurring

entomopathogens. In: Baker RR, Dunn PE, eds. New

directions in biological control: alternatives for sup-

pressing agricultural pests and diseases. New York: Alan

R. Liss. p 115–138.

Cavalier-Smith T. 1998. A revised six-kingdom system of life.

Biol Rev 73:203–266.

———. 2001. What are fungi? In: McLaughlin DJ,

McLaughlin EG, Lemke PA, eds. The Mycota. Vol.

VIIA. Systematics and evolution. Berlin: Springer-

Verlag. p 3–37.

Cerda´-Olmedo E. 2001. Phycomyces and the biology of light

and color. FEMS Microbiol Rev 25:503–512.

de Hoog GS, Guarro J, Gene J, Figueras MJ. 2000. Atlas of

clinical fungi. Utrecht, The Netherlands: Centraalbur-

eau voor Schimmelcultures. 1160 p.

Forget L, Ustinova J, Wang Z, Huss VAR, Lang BF. 2002.

Hyaloraphidium curvatum: a linear mitochondrial

genome, tRNA editing, and an evolutionary link to

lower fungi. Mol Biol Evol 19:310–319.

Gams W. 1977. A key to the species of Mortierella. Persoonia

9:381–391.

Gehrig H, Schu

¨ ßler A, Kluge M. 1996. Geosiphon pyriforme,

a fungus forming endocytobiosis with Nostoc

(Cyanobacteria), is an ancestral member of the

Glomales: evidence by SSU rRNA analysis. J Mol Evol

43:71–81.

Gottlieb AM, Lichtwardt RW. 2001. Molecular variation

within and among species of Harpellales. Mycologia 93:

66–81.

Hawksworth DL, Kirk PM, Sutton BC, Pegler DN. 1995.

Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi. 8th ed.

Wallingford, UK: CAB International. 616 p.

Helgason T, Watson IJ, Young JPW. 2003. Phylogeny of the

Glomerales and Diversisporales (Fungi: Glomeromy-

cota) from actin and elongation factor 1-alpha

sequences. FEMS Microbiol Lett 229:127–132.

Hesseltine CW. 1991. Zygomycetes in food fermentations.

Mycologist 5:162–169.

———, Ellis JJ. 1973. Mucorales. In: Ainsworth GC, Sparrow

FK, Sussman AS, eds. The fungi, an advanced treatise.

Vol. IVB. A taxonomic review with keys: Basidiomycetes

and lower fungi. New York: Academic Press. p 187–217.

Huelsenbeck JP, Ronquist F. 2001. MrBayes: Bayesian

inference of phylogenetic trees. Bioinformatics 17:

754–755.

Humber RA. 1981. An alternative view to certain taxonomic

criteria used in the Entomophthorales (Zygomycetes).

Mycotaxon 13:191–240.

———. 1989. Synopsis of a revised classification for the

Entomophthorales (Zygomycotina). Mycotaxon 34:

441–460.

Ingold CT. 1978. The biology of Mucor and its allies.

Institute of Biology’s Studies in Biology No. 88.

London: Edward Arnold.

James TY, Kauff F, Schoch CL, Matheny PB, Hofstetter V,

Cox CJ, Celio G, Gueidan C, Fraker E, Miadlikowska J,

Lumbsch HT, Rauhut A, Reeb V, Arnold AE, Amtoft A,

Stajich JE, Hosaka K, Sung G-H, Johnson D, O’Rourke

B, Crockett M, Binder M, Curtis JM, Slot JC, Wang Z,

Wilson AW, Schu

¨ Þler A, Longcore JE, O’Donnell K,

Mozley-Standridge S, Porter D, Letcher PM, Powell MJ,

Taylor JW, White MM, Griffith GW, Davies DR, Humber

RA, Morton JB, Sugiyama J, Rossman AY, Rogers JD,

Pfister DH, Hewitt D, Hansen K, Hambleton S,

Shoemaker RA, Kohlmeyer J, Volkmann-Kohlmeyer B,

Spotts RA, Serdani M, Crous PW, Hughes KW,

Matsuura K, Langer E, Langer G, Untereiner WA,

Lu

¨ cking R, Bu

¨ del B, Geiser DM, Aptroot A, Diederich

P, Schmitt I, Schultz M, Yahr R, Hibbett DS, Lutzoni F,

McLaughlin DJ, Spatafora JW, Vilgalys R. 2006a.

Reconstructing the early evolution of Fungi using

a six-gene phylogeny. Nature 443:818–822.

———, Letcher PM, Longcore JE, Mozley-Standridge,

Porter D, Powell MJ, Griffith GW, Vilgalys R. 2006b. A

molecular phylogeny of the flagellated fungi (Chytri-

diomycota) and description of a new phylum (Blas-

tocladiomycota). Mycologia 98:860–871.

———, O’Donnell K. 2004. Zygomycota. Microscopic ‘Pin’

or ‘Sugar’ Molds. Version 21 December 2004. http://

tolweb.org/Zygomycota/20518/2004.12.21 in The

Tree of Life Web Project, http://tolweb.org.

———, Porter D, Leander CA, Vilgalys R, Longcore JE.

2000. Molecular phylogenetics of the Chytridiomycota

882

M

YCOLOGIA

---