Yönetim kurulu başkan

50

6. Türk 

Tıbbi Onkoloji

 

Kongresi

Genetik ve Moleküler Testler

hata yaptığını var sayarsak ortalama bir genomun dizilemesinde yak-

laşık 300.000 adet hatalı okumanın yapıldığı hesaplanmaktadır. Yapı-

lan hatanın nerede ve neye karşılık geleceğinin anlaşılması, hastalık 

ilişkilerinin anlaşılması ise son derece zor bir iştir ve yılların birikimini 

ve araştırmasını gerektirir. 

Bunun  dışında  dizileme  yapılan  bölgenin  ne  kadarının  dizleme  işe-

leminde kapsandığının bilinmeside son derece önemlidir. Kabul edi-

lebilir  sınır  %80’in  üzerinde  olmasıdır.  Yani  kullandığımız  metodun 

incelemek  istediğimiz  bölgelerin  en  azından  %80’ini  doğru  olarak 

dizilemesi gerekmektedir. 

Bunun dışında söz onusu NGS platformunda kullanılan DNA ve RNA 

kalitesinin de çok önemli olduğu bir gerçektir. Özellikle parafine gö-

mülü dokular ile çalışılırken büyük sıkıntılar yaşanmaktadır. Parafine 

gömülü  dokunun  fiksasyon  şekli  ve  kalitesi  sonucu  etkilemektedir. 

Bu durum yanlış negatif ya da yanlış pozitif sonuçların elde edilmesi-

ne neden olmaktadır. Bu nedenle özellikle küçük tümörlerde bu soru-

nun ortadan kaldırılması ile ilgili yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç 

vardır (Kerick et al.,2011; Schweiger et al., 2009). 

Sadece  eksom  dizileme  yapacak  olursak  buradan  elde  edeceğimiz 

bulgular bize sadece proteinin yapısını etkileyen değişiklikler hakkın-

da bilgi verecektir. Sadece belli bir gen bölgesine ilişkin yapacağımız 

dizileme  işleminde  ise  ilgili  genin  hastalıkla  ilişkisi  ya  da  hastalığa 

yatkınlık oluşturması ile ilgili bilgilere ulaşabiliriz. 

Tüm bu uygulamaların dışında tüm genom ya da gene ya da gen böl-

gelerine spesifik olarak yapılan metilasyon spesifik dizileme işlemle-

ride NGS ile yapılabilmektedir. 

NGS’NİN GELEcEKTEKİ UYGULAMALARI 

Gelecekte en yakın sonuçlar eksom dizileme ile ilgili bilgiler olacak-

tır. Bu sayede hastalıklarda genomumuzun anlatım yapan kısmının ne 

denli etklendiği anlaşılmış olacaktır. NGS’nin her geçen gün klinikte 

kullanımı beklenenden daha fazla bir hız ile artmaktadır. NGS uygula-

maları hastalığın tanısında değil moniterizasyonunda da kullanılabile-

cek teknolojilerdir ve gelecekte minimal rezidüel hastalığın takibinde 

ve ilaç seçiminde, ailesel hastalık risklerinin belirlenmesinde kullanı-

lacak bir yöntem olarak görülmektedir. 

KAYNAKLAR 

1.  M. Morey, A. Fernandez-Marmiesse, D. Castineiras, j.M. Fraga, 

M.L. Couce, j.A.Cocho, A glimpse into past, present, and future 

DNA sequencing, Mol. Genet.Metab. 110 (2013) 3–24. 

2.  National Human Genome Research Institute, 2013. DNA Sequen-

cing Costs. . 

3.  E.C. Hayden, Technology: the $1000 genome, Nature 507 (2014) 

294–295. 

4.  F. Sclafani, G. Gullo, K. Sheahan, j. Crown, BRAF mutations in 

melanoma  andcolorectal  cancer:  a  single  oncogenic  mutation 

with different tumourphenotypes and clinical implications, Crit. 

Rev. Oncol. Hematol. 87 (2013)55–68. 

5.  D. Ford, D.F. Easton, M. Stratton, S. Narod, D. Goldgar, P. Devi-

lee, et al., Geneticheterogeneity and penetrance analysis of the 

BRCA1  and  BRCA2  genes  inbreast  cancer  families.  The  breast 

cancer linkage consortium, Am. j. Hum.Genet. 62 (1998) 676–

689. 

6.  P.B. Chapman, A. Hauschild, C. Robert, j.B. Haanen, P. Ascier-

to,  j.  Larkin,  et  al.,Improved  survival  with  vemurafenib  in  me-

lanoma with BRAF V600E mutation,N. Engl. j. Med. 364 (2011) 

2507–2516. 

7.  j.Y. Douillard, K.S. Oliner, S. Siena, j. Tabernero, R. Burkes, M. Baru-

gel, et al.,Panitumumab-FOLFOX4 treatment and RAS mutations in 

colorectal cancer, N.Engl. j. Med. 369 (2013) 1023–1034. 

8.  A.T. Shaw, D.W. Kim, K. Nakagawa, T. Seto, L. Crino, M.j. Ahn, 

et al., Crizotinibversus chemotherapy in advanced ALK-positive 

lung cancer, N. Engl. j. Med.368 (2013) 2385–2394. 

9.  A.V. Biankin, N. Waddell, K.S. Kassahn, M.C. Gingras, L.B. Mut-

huswamy, A.L. johns,et al., Pancreatic cancer genomes reveal 

aberrations in axon guidance pathwaygenes, Nature 491 (2012) 

399–405. 

10.  Cancer Genome Atlas Network, Comprehensive molecular cha-

racterization ofhuman colon and rectal cancer, Nature 487 (2012) 

330–337. 

11.  A.M.  Dulak,  P.  Stojanov,  S.  Peng,  M.S.  Lawrence,  C.  Fox,  C. 

Stewart, et al., Exome andwhole-genome sequencing of esopha-

geal adenocarcinoma identifies recurrentdriver events and muta-

tional complexity, Nat. Genet. 45 (2013) 478–486. 

12.  D.W. Parsons, S. jones, X. Zhang, j.C. Lin, R.j. Leary, P. Ange-

nendt, et al., Anintegrated genomic analysis of human glioblas-

toma multiforme, Science 321(2008) 1807–1812. 

13.  E.S.  Lander,  L.M.  Linton,  B.  Birren,  C.  Nusbaum,  M.C.  Zody,  j. 

Baldwin, et al., Initialsequencing and analysis of the human ge-

nome, Nature 409 (2001) 860–921. 

14.  F. Sanger, G.M. Air, B.G. Barrell, N.L. Brown, A.R. Coulson, C.A. 

Fiddes,  et  al.,Nucleotide  sequence  of  bacteriophage  phi  X174 

DNA, Nature 265 (1977a)687–695.F. 

15.  F.Sanger,  S.  Nicklen,  A.R.  Coulson,  DNA  sequencing  with  cha-

in-terminatinginhibitors,  Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  U.  S.  A.  (1977b) 

5463–5467. 

16.  D.  Dressman,  H.  Yan,  G.  Traverso,  K.W.  Kinzler,  B.  Vogelstein, 

Transforming  singleDNA  molecules  into  fluorescent  magnetic 

particles  for  detection  andenumeration  of  genetic  variations, 

Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 100 (2003)8817–8822. 

17.  E.R. Mardis, A decade’s perspective on DNA sequencing techno-

logy, Nature 470(2011) 198–203. 

18.  ReferencesS.S. Ajay, S.C. Parker, H.O. Abaan, K.V. Fajardo, E.H. 

Margulies, Accurate andcomprehensive sequencing of personal 

genomes, Genome Res. 21 (2011)1498–1505. 

19.  D.C.  Koboldt,  L.  Ding,  E.R.  Mardis,  R.K.  Wilson,  Challenges  of 

sequencing humangenomes, Briefings Bioinf. 11 (2010) 484–498. 

20.  R.  Nielsen,  j.S.  Paul,  A.  Albrechtsen,  Y.S.  Song,  Genotype  and 

SNP calling fromnext-generation sequencing data, Nat. Rev. Ge-

net. 12 (2011) 443–451. 

21.  K.V.  Voelkerding,  S.A.  Dames,  j.D.  Durtschi,  Next-generation 

sequencing:  frombasic  research  to  diagnostics,  Clin.  Chem.  55 

(2009) 641–658. 

22.  M. Kerick, M. Isau, B. Timmermann, H. Sultmann, R. Herwig, S. 

Krobitsch, et al.,Targeted high throughput sequencing in clinical 

cancer  settings:  formaldehydefixed-paraffin  embedded  (FFPE) 

tumor tissues, input amount and tumorheterogeneity, BMC Med. 

Genomics 4 (2011) 68. 

23.  M.R.  Schweiger,  M.  Kerick,  B.  Timmermann,  M.W.  Albrecht,  T. 

Borodina, D.Parkhomchuk, et al., Genome-wide massively paral-

lel sequencing offormaldehyde fixed-paraffin embedded (FFPE) 

tumor tissues for copy-number-and mutation-analysis, PloS One 

4 (2009) e5548.

---