Yönetim kurulu başkan

TEMEL ONKOLOJİ 

KURSU KONUŞMA 

METİNLERİ

---

30

6. Türk 

Tıbbi Onkoloji

 

Kongresi

Temel Onkoloji Kursu

Son  yıllarda  kanserin  temel  moleküler  mekanizmalarının  giderek 

daha iyi anlaşılması ve buna paralel olarak genetik değişiklikleri be-

lirlemeye yönelik yeni teknolojilerin geliştirilmesiyle moleküler yön-

temlerin laboratuarda kullanımı da hızla artmış, daha önce imkansız 

olan  tetkikler  rutin  uygulamalar  haline  gelmiştir.  Yeni  yöntemlerin 

sağladığı potansiyel olanaklar geleneksel yöntemlerle elde edilebilen 

bilgilerin  sınırını  çok  aşmakta,  tanı,  değerlendirme  ve  izleme  aşa-

malarında hastaların daha duyarlı biçimde sınıflandırılmasına olanak 

vermektedir. Belirli kanser türlerine özgü sinyal yolaklarının tanım-

lanması konvansiyonel terapiye kıyasla daha etkin ve toksisitesi daha 

düşük tedavi yaklaşımlarının kullanılmasını sağlamıştır. Kanserlerin 

moleküler mekanizmaları hakkındaki bilgiler arttıkça bunlar hedefe 

yönelik tedavilere yansımakta, kusurlu moleküler yolakların belirlen-

mesi ve hedef genlerdeki özgün değişikliklerin saptanmasıyla hedefe 

yönelik tedavilerden gerçekten yararlanacak hastaların belirlenmesi 

mümkün olmaktadır. 

Bireylerin kansere olan yatkınlığı genetik ve çevresel faktörlerin öz-

gül kombinasyonuna bağlıdır. Bazı durumlarda genetik faktörler ile 

kanser arasındaki ilişki açıkça görülebilir ve klinik açıdan önemli so-

nuçlar doğurur. Örneğin. BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonlar 

meme (ve over) kanserleri açısından önemli bir risk oluşturduğundan 

mutasyon taşıyan bireyler için koruyucu ya da adjuvan önlemler ya-

nında aynı mutasyonlara bağlı başka kanser türleri için de prevantif 

stratejiler düşünülmektedir. Benzer durumlar kolon kanseri riski ile 

ilişkili kalıtsal MLH1, MSH2 gen mutasyonları, ya da MEN2 gelişimi 

açısından risk taşıyan RET gen mutasyonları görülen hastalar için de 

söz konusudur. 

Kanser hastalarında aynı tip tümörler arasında bile moleküler açıdan 

önemli  farklılıklar  görülmesi  bu  hastalığın  patogenezinde  genetik 

faktörlerin rol oynadığına işaret eder. Bu farklar aynı zamanda birey-

selleştirilmiş uygulamalar için de uygun bir temel oluşturur. Bu uy-

gulamalar tarama, tanı, prognozu ve tedavinin etkinliğini belirleme, 

nüksleri  saptayabilme  ve  farklı  tedavilerden  yararlanacak  hastaları 

KANSERDE MOLEKÜLER ANALİZLER

Prof. Dr. nEjat Dalay

istanBUl ünivErsitEsi onkoloji Enstitüsü, tıBBi onkoloji BiliM dalı

ayırt  etme  açısından  yararlı  olabilmektedir.  Hastaların  içinde  belirli 

tedavilere cevap verme olasılığı daha yüksek olan grupların belirlen-

mesi başarılı tedavi oranlarını arttıracağı gibi istenmeyen yan etkilerin 

ve toksisitenin de ortadan kalkmasıyla sonuçlanmaktadır.

Bireyselleştirilmiş  tıp  alanında  en  çok  kullanılan  yöntemler  PCR, 

FISH/CISH,  ve  dizi  analizleridir.  DNA,  RNA  veya  protein  düzeyinde 

yapılan  moleküler  analizler  tümörlerin  geleneksel  metotlarla  ger-

çekleştirilemeyen, prognoz veya tedaviye cevap açısından farklılıklar 

sergileyen  yeni alt gruplara göre sınıflanmasını sağlarken son yıllarda 

İnsan Genom Projesi sayesinde büyük gelişme gösteren  yüksek hızlı 

teknolojiler projenin tamamlanmasından sonra tıp alanındaki uygu-

lamalarda yeni bir çığır açmıştır. Mikrodizin, analizleri, kütle spekt-

roskopisi,  ikinci  ve  üçüncü  nesil  dizileme  teknikleri,  arrayCGH  v.b. 

gibi yöntemlerle aynı anda yüzlerce, hatta yüzbinlerce genetik hedefi 

incelemek mümkündür. Bu sayede hem analizlerin özgüllüğü ve du-

yarlığı  artmakta,  hem  de  bilinmeyen  moleküllerarası  etkileşimlerin 

tanımlanmasıyla    kanserin  patogenezine  yönelik  yeni  bulgular  elde 

edilmektedir.  Günümüzde  yeni  nesil  dizileme  yöntemleri  bütün  ge-

nomu kapsayan analizler için kullanılmaktadır. Hücrelerde çok düşük 

düzeyde bulunan ve geleneksel dizileme teknikleri ile saptanamayan 

kansere özgü bazı değişikliklerin ilgili gen bölgesini binlerce kez tara-

yan bu yaklaşımlarla tanımlanması kanser genomunun anlaşılmasına 

yardımcı olmaktadır. Bu sayede birçok kanser türünde daha önceden 

bilinmeyen yeni mutasyon ve genomik değişiklikler tanımlanmıştır.

Bugün klinikte kanser hastalarında tanı ve tedaviye yönelik kullanılan 

tetkiklerde yaygın uygulanan moleküler testler genellikle PCR veya 

gerçek-zamanlı PCR yöntemleriyle yapılmaktadır. Bu yöntemle de tü-

mör örneğinde birçok genin eş zamanlı olarak incelenmesi mümkün-

dür. Lösemi ve lenfomaların moleküler karakterizasyonu hematolojik 

tanı ve sınıflamalarda  sitogenetik analizlerin yerini almıştır. Molekü-

ler tanının önemli bir uygulama alanı da örneğin, KLL’de p53 ve IGHV 

mutasyonları ile CLLU1 ekspresyonu, KML’de minimal rezidüel has-

talık  izleme,  meme  kanserinde  kullanılan  gen  ekspresyon  imzaları 

---

31

6. Türk 

Tıbbi Onkoloji

 

Kongresi

Temel Onkoloji Kursu

gibi  prognostik  biyomarkerlerin  kullanımıdır.  Son  yıllarda  en  yaygın 

uygulanan moleküler tetkikler arasında ayrıca inhibitörlerle tedavide 

cevabı belirlemeye yönelik prediktif biyomarker olarak, kolon kanse-

rinde KRAS ve NRAS, akciğer kanserinde EGFR ve malin melanomda 

BRAF mutasyonlarının değerlendirilmesi de sayılabilir. 

Metodolojinin  çok  hızlı  ilerlemesine  paralel  olarak  geliştirilen  yük-

sek  duyarlıklı  yöntemler  örneklerin  incelemesinde  çok  az  sayıdaki 

hücrede yer alan moleküler değişikliklerin bile saptanmasına olanak 

vermiştir. Kanser hastalarının klinik değerlendirilmesinde moleküler 

tetkiklerin rolünün giderek artmasına karşın bu testlerin güvenilirli-

ği de önemli bir faktör olarak değerlendirilmelidir. Ülkemizde dikkat 

çeken başlıca sorunlardan biri, özellikle hedefe yönelik belirli ilaçların 

kullanılabilirliği  açısından  bilgi  edinmek  amacıyla  uygulanan  bu  ko-

nudaki testlerin birçok sağlık kurumunda bu alanda bilgi ve deneyim 

sahibi laboratuarlarda değil, söz konusu ilacı üreten firmanın temin 

ettiği teknisyen ve cihazlar ile o güne kadar moleküler tetkikleri hiç 

uygulamamış  olan  deneyimsiz  laboratuarlarda  yapılmasıdır.  Bu  tür 

laboratuarlarda  ilgili  yöntem  ile  sonuç  alınamaması  ya  da  kararsız 

kalınması durumunda test sonuçlarını doğrulayacak alternatif tekno-

lojiler de mevcut olamadığından gerçekleştirilen testlerin güvenilirliği 

sınırlı kalmaktadır.

Kanserde  gen  ekspresyonunun  değerlendirilmesi  için  kullanılan  ve 

bir  tek  deneyde  binlerce  genin  birlikte  incelenmesine  olanak  veren 

mikrodizinler yardımıyla gen ekspresyon profillerinin analizi kanser 

türlerinde  farklı  özellikler  gösteren  alt  tiplerin  belirlenmesi,  invaziv 

ve noninvaziv tümörlerin ayırt edilmesi, prognozu ve tedaviye yanıtı 

belirleme ve nüksleri erken saptama amacıyla başarıyla kullanılmak-

tadır. Çok sayıdaki değişik biyomarker molekülü birlikte kısa zaman-

da  değerlendiren  mikrodizinler  sayesinde  meme,  kolon  ve  prostat 

tümörleri başta olmak üzere birçok kanserde gen ekspresyon analiz-

lerinin prognoz ve tedavi seçimi açısından yol gösterici katkıları kanıt-

lanmıştır. Sinyal yolaklarında görev yapan genlerin ekspresyonlarının 

incelenmesi  hastalarda  ilaç  cevabını  öngörmek  açısından  yardımcı 

olmakta, bu amaçla tanımlanan “gen imzaları” tedavi seçimi ve prog-

nozun belirlenmesi amacıyla değerlendirilmektedir. 

Mikrodizinler diğer yandan, ilaç hedeflerinin tanımlanması ve ilaç ge-

liştirme amacıyla da kullanılmaktadır. Bu yaklaşımla tanı, prognoz ve 

tedavi alanlarında yüzlerce genin işlevleri tanımlanmış, bunların klinik 

kullanımdaki yararları araştırılmaktadır. Genetik kusurların doğru ta-

nımlanması yeni ilaç geliştirme çalışmaları için moleküler hedeflerin 

belirlenmesine yardımcı olmaktadır. Belirli genlerdeki polimorfik de-

ğişiklikler bireylerin kullanılan ilaçlara karşı duyarlığını etkilediğinden 

yüksek hızlı yeni teknolojiler bu değişikliklerin topluca değerlendiril-

mesi açısından geniş olanaklar sunmaktadır.

Son yıllarda en önemli ve ümit veren gelişmelerden birisi de dolaşım-

daki tümör hücrelerinin (Circulating tumor cell-CTC) incelenmesidir. 

Solid tümörlerden dolaşıma geçen tümör hücrelerinin çok az sayıda 

(10-6) olmasına karşın yeni geliştirilen çok duyarlı teknolojiler saye-

sinde dolaşımda bu hücrelerin ayrıştırılması mümkündür. Primer tü-

mörde yer alan değişikliklerin bu hücrelerde de saptanabildiği birçok 

çalışmada  gösterilmiştir.  CTC’lerin  izolasyonu  genellikle  epitel  hüc-

relerine özgü adhezyon molekülleri, ya da hücrelerin fiziksel (boyut, 

esneklik,  v.b.)  veya  elektromagnetik  özelliklerinden  yararlanılarak 

gerçekleştirilir. 

Bu  hücrelerin  kantitatif  analizinden  elde  edilen  verilerin  prognostik 

biyomarker olarak değerlendirilebildiği ve dolaşımdaki tümör hücre-

si sayısının prognoz ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Başta meme ve 

kolon kanserlerinde elde edilen bu bulgular daha sonra CTC sayısının 

prognostik biyomarker değerlendirildiği akciğer, melanom, baş-bo-

yun,  prostat  ve  pankreas  kanserlerinde  de  doğrulanmıştır.  CTC’ler 

hastalığın  biyolojik  özelliklerinin  değişik  evrelerde  izlenmesine  ola-

nak vererek gereken aşamada müdahale edilmesine de imkan yarat-

maktadır. Örneğin, CTC analizi sayesinde hastalığın başlangıcında pri-

mer tümörden yapılan biopsilerde bulunmayan ve sonradan gelişen 

mutasyonların belirli aralıklarla incelenmesi  ve zamanında saptan-

ması mümkündür.

Dolaşımdaki tümör hücreleri lokalize hastalıkta da tekrarlama riski 

hakkında  bilgi  verebilmektedir.  CTC  sayısının  tedavi  süresince  ser-

gilediği değişikliklerin araştırılması bu parametrenin özellikle kolon 

kanserinde tedavi cevabını gösteren bağımsız bir biyomarker olarak 

değerlendirilebileceğini göstermiştir. 

Yeni  teknolojik  yöntemler  genetik  değişikliklerin  bugüne  kadar  ya-

pılan  uygulamalara  kıyasla  çok  daha  geniş  boyutta  incelenmesine 

imkan  vermektedir.  Bu  tür  Genom  Boyu  İlişkilendirme  Çalışmaları 

(Genome-wide association studies-GWAS) bu güne kadar incelene-

bilen küçük çaplı genom bölgeleri yerine tüm genomun çok daha ge-

niş özelliklerini yansıtmaktadır. İnsan Kanser Genom Projesi sadece 

mutasyonları değil, genlerin metilasyonla susturulması, translokas-

yonlar, delesyonlar ve amplifikasyonlar gibi çok daha değişik gene-

tik  değişiklikleri  tanımlamaya  yönelik  tasarlanmıştır.  Bu  proje  kap-

samında  yeni  bir  meme  kanseri  lokusu,  iki  değişik  prostat  kanseri 

lokusu, sadece adenokanserler ile ilişkili bir akciğer kanseri lokusu, 

seröz tümörler ile ilişkili over kanseri lokusu, lenfomada tedavi he-

defi olabilecek metilenmiş genler, küçük hücreli akciğer kanserinde 

platin-bazlı tedavilerin etkinliği ile ilişkili 20 değişik SNP v.b. gibi çok 

fazla sayıda bilinmeyen değişiklik tanımlanmıştır. Ancak bu projeden 

inanılmaz boyutlarda veri elde edildiği ve bu verilerin işlenmesi, ay-

rıştırılması ve değerlendirilmesi için özel bilgi işleme teknolojilerinin 

gerektiği de unutulmamalıdır. İnsan genom projesi kapsamında elde 

edilen verilerin boyutu (20 petabit : 20 x 1015 bit) ancak çok geniş bilgi 

işleme kapasitesine sahip olan belirli birkaç kurumun bu bilgilerin tü-

müne ulaşmasına olanak vermekte, tüm verilerin indirilmesinin bile 

dört ay sürdüğü belirtilmektedir.

KAYNAKLAR

1.  Beck j, Urnovitz HB, Mitchell WM et al. Next generation sequen-

cing of serum circulating nucleic acids from patients with invasi-

ve ductal breast cancer reveals differences to healthy and non-

---